Слово "кобра" пришло в русский язык из португальского, где оно означает просто "змея". А конкретно кобра по-португальски называется "cobra del capello" [кобра дель капелло], что в переводе означает "змея...". С чем?
С капюшоном.
В русском языке это название сократилось до слова "кобра".