Внимание, в вопросе есть замена.
Первый фильм из этой серии назывался "История Икс". Второй, соответственно, — "История Икс — 2". А вот третий — "Новая история Икс".
По мнению автора вопроса, третий фильм мог бы называться "История Икс — 3", только в том случае, если бы его снимал режиссер... Какой режиссер?
Франсуа Озон.
Иксом заменена буква О. O3 — формула газа озона, которая читается как "О три". Упоминается фильм "Histoire d'O" (O здесь — инициал).