В слове "ВЫНУТЬ" есть префикс "ВЫ" (аналогично "ВЫРВАТЬ"), есть суффикс "НУ" (аналогично "ВЫДЕРНУТЬ"), есть окончание "ТЬ" ("ВЫНУЛ", "ВЫНУЛА"...). А где же корень слова?
Этот корень раньше был, но с течением времени он "выпал" из слова. И
корень этот — "ИМ", он сохранился в словах "ИМЕТЬ", "ЗАНИМАТЬ",
"ВЫНИМАТЬ".
Комментарий от Георгия Гладкова: На http://www.gramota.ru/konkurs_itog.html?nn=46 написано:
В слове вынул выделяются следующие морфемы: приставка вы-, суффиксы
-ну- и -л- (последний указывает на прошедшее время). Это единственное слово в русском языке, которое не имеет корня. Оно родственно таким словам, как отнять, обнять и др. В древнерусском языке существовал глагол яти (брать). Ранее глагол вынуть звучал как вынять. Звук -н- имеет такое же происхождение, как -н- после предлогов перед местоимениями. Ср. ему и к нему, им и с ним.
Комментарий от vertrager на http://groups.yahoo.com/group/calcul/:
Слово "вынуть" — отнюдь не единственное в русском языке, которое якобы не имеет корня.
Корень "нем"/"ним" — древнеобщеиндоевропейский. В немецком языке есть глагол "nehmen" — "брать". Его однокоренная "калька" в русском языке — "иметь" (похоже, это как-то связано и со словом "имя", ср. в немецком "nahm" -"взял" (еще одно слово "без корня") — "Name" — "имя"), по-старославянски — "ять" (не путать с "еть" (тоже оба вроде "без корня")). Из-за особенностей русской фонетики как один, так и другой согласный из корня "нем"/"ним" может пропадать. В предельном случае имеем слова с "нулевым" корнем — "объять", "изъять", "взять".
Однако все носители русского языка понимают, что это за корень, и не затрудняются с лексическим значением слова.